โรงเรียนพนมเบญจา เริ่มเปิดเรียนเป็นสาขาของโรงเรียนอำมาตย์พานิชนุกูล เมื่อปีการศึกษา 2516 โดยอาศัยใต้เรือนหอนอนของโรงเรียนศึกษาสงเคราะห์เขาพนม (ปัจจุบัน คือ โรงเรียนราชประชานุเคราะห์ 37 จังหวัดกระบี่) เป็นสถานที่ทำการเรียนการสอน โดยมีนายนาคินทร์  กี่บุตร ปฏิบัติราชการ ในฐานะหัวหน้าสถานศึกษา ต่อมาชาวบ้านเขาพนม พร้อมใจกันสร้างอาคารเรียนชั่วคราว หลังคามุงจาก จำนวน 1 หลัง  ในที่ปัจจุบัน จึงย้ายนักเรียนมาเรียนในที่ดินกำหนดนับแต่นั้นมา และต่อมาทางกรมสามัญศึกษาได้จัดสรรงบก่อสร้างอาคารเรียนแบบ ป 1ก. จำนวน 3 ห้องเรียนยังคงใช้ประโยชน์อยู่จนถึงปัจจุบัน

           ปีการศึกษา 2517 ทางกรมสามัญศึกษาได้ประกาศตั้งโรงเรียนพนมเบญจา เมื่อวันที่  22 พฤษภาคม 2517
และแต่งตั้ง นายเที่ยง  ทองเทพ เป็นครูใหญ่

           ปีการศึกษา 2531 โรงเรียนพนมเบญจาได้ดำเนินการขยายโอกาสทางการศึกษาออกสู่ชนบทห่างไกล
และด้อยโอกาสทางการศึกษา โดยเปิดโรงเรียนพนมเบญจา(สาขา) ขึ้นที่ตำบลสินปุน อำเภอเขาพนม จังหวัดกระบี่  รับนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 ปีแรกมีนักเรียน 35 คน และในปีการศึกษา 2533 ได้ประกาศจัดตั้งเป็นโรงเรียนสินปุนคุณวิชญ์

           ปีการศึกษา 2534  โรงเรียนพนมเบญจา ได้เปิดโรงเรียนสาขาขึ้นที่ตำบลเขาดิน อำเภอเขาพนม
จังหวัดกระบี่ โดยรับนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 ปีแรกจำนวน 34 คน อาศัยโรงเรียนบ้านควนม่วง เป็นสถานที่ทำการเรียนการสอน และในปีการศึกษา 2539 โรงเรียนพนมเบญจา (สาขา) ทางกรมสามัญศึกษา ได้ประกาศให้เป็นโรงเรียนเขาดินประชานุกูล

           ปีการศึกษา 2560 โรงเรียนได้ปรับเปลี่ยนอัตลักษณ์ เอกลักษณ์ เพื่อให้สอดคล้องกับวิสัยทัศน์
พันธกิจเป้าประสงค์และบริบทของสถานศึกษา และสร้างโอกาสทางการศึกษาให้กับนักเรียนที่ด้อยโอกาสโดยการจัดการศึกษาทางเลือกให้นักเรียนเรียนวันเสาร์และวันอาทิตย์

           ปีการศึกษา 2561 เปิดห้องเรียนพิเศษ ระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 (EIS) ระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4  (หลักสูตรสสวท.) และสร้างห้องเรียนเคมีจำนวน 1 ห้อง พัฒนาคุณภาพการศึกษาของโรงเรียนโดยขับเคลื่อนโรงเรียนสู่โรงเรียนมาตรฐานสากล

           ปีการศึกษา 2562 เปิดห้องเรียนพิเศษ (หลักสูตรสสวท.) ระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 และห้องเรียนภาษาอังกฤษ-ภาษาจีน ระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4